一四年前 初号机疑似神化第一形态的醒觉带来近三冲击 使宇宙产生史无前例的剧变 在此以后 葛城美里 三石琴乃 配音 等NERV旧部出走 成立了抵挡seele和NERV的Wille Wille授命明日香 宫村优子 配音 和真里 坂本真绫 配音 夺回挨封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣 绪方惠美 配音  是于尽对避免真嗣登上初号机 感受到方圆的敌意 懵懂的真嗣跟从绫波丽 林原惠美 配音 登上俄然进侵的九号机 返回了千疮百孔的NERV总部 在这里 他不测重逢朝思夜想的绫波 还从老爸那边得知本身将和美少年渚薰 石田彰 配音 共同驾驶十三号机 长达一四年的空缺 期间的沧桑剧变和感情纠葛让真嗣惊惶失措 而看似和顺的渚薰为他揭开了各种难以置信的本相…… 本片为EVA新剧院版四部曲的第三部