在观光的列车上 美雪 铃木杏演 再次相逢了金田一 松本润色 并跟随于他 火伴用手中的DV记录着产生的一切 某夜 一个木偶团长不幸挨害 案发后 警探发觉他本来在车厢里的尸身不翼而飞 因而引发了一阵动乱 探长决定在一屋酒店临时住下 找寻犯法嫌疑人 金田一等人此时一同前往 后来 按照案情 嫌疑人挨锁定在木偶集体成员当中 探长想经是过程体重以缩小搜索范围 可是 一个女成员的不测灭亡 却让金田一发觉了埋没的奥秘 并是此揭开了一桩尘封多年的旧案本相……本片按照天树征丸的漫画改编 除上述出格版魔术列车杀人事务外 还包含以下六个事务 别离为鬼魂客船杀人事务 法兰西银币杀人事务 黑死蝶杀人事务 速水玲香诱拐杀人事务 魔术的森杀人事务和露西亚人形杀人事务