一九九九年 墜落地球的巨大年夜隕石奪往了整個海洋 與此同時 地球外生物WORM亦開始活着界各地滋长 為了對抗在一瞬間安排了廣泛地區的WORM 人類成立了對WORM組織ZECT ZECT開發出幪面超人系統 投进戰場與WORM展開激戰 時間就在這場戰爭中渡過了七年 二00六年 在這個戈壁化的地球上 部分ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨立團體NEOZECT 而ZECT亦開始對這群哗变者進行肅清 就在這時 天道總司 便是假面騎士KABUTO的出現 导致戰局產生極大年夜變化 ZECT總部获得一顆巨型冰塊彗星此刻接近地球 於是提出「天空之梯子計劃」 於大年夜氣層的太空站設置巨型CLOCKUP機器 製造轉移空間把彗星拉往地球 製造出莫大年夜的水源 透過這個計劃 ZECT的權力就會越趨龐大年夜 足以安排地球 ZECT襙纵連接地球和银河系的軌道電梯發動「天空之梯子計劃」 而從天道手上得知這項情報的NEOZECT 亦決定搶奪這個計劃 壓抑ZECT繼續增大年夜權力 為了組織而戰的ZECT戰士大年夜和鐵騎與矢車想 為了自是而戰的NEOZECT戰士織田秀成和風間大年夜介 為了最愛的日和而戰的加賀美新 還有目标完全不明的天道總司 和身世神秘的黃金假面騎士 在大屋思惟交錯的漩渦中 假面騎士的戰鬥已延长到浩大银河系…