这部拍摄于一九八九年版的《变蝇人二》是一九八六年版《变蝇人》的续集，片子承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯小孩的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时挨当场吓死。当局的科研机关巴托财产园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz演），是巴托财产的老总巴托师长教师（约翰·盖兹 John Getz演）抚养。巴托师长教师慎密密切监视着马丁的一举一动，概况上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，背后用摄像机记录下他所有的生活历程，让马丁研究他老爸生前的时空传送装配。马丁看上往标致帅气，无异于常人，除的惊人的成长速度和超人的天资才能。不久，马丁就和斑斓的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga演）坠进爱河。可藏匿在马丁体内的变异染色体俄然苏醒，等候马丁的是变成下一个“苍蝇人”的可怕凶信。