上一部结束，尼奥（基奴李维斯 饰）总算意识到自己的才能和任务，中弹复生后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，遭到人们的热烈欢迎。 br  　　此刻，“母体”决议先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，预备从内部损坏；而本该被尼奥消除的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的操控，拥有可怕的复制才能，阻止尼奥他们的举动。