在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战停止后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长伴随GUTS考古队来到位于南宁靖洋的远古遗迹露露耶，他们再次发明了业已扑灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女首脑卡美拉（芳本美代子 饰）。入间死力否决对事迹的触动，但涓滴无法转变上层的决议，最终导致三尊邪神回生，人类再度面对危机。与此同时，圆·年夜古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多喷鼻美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神批示其帮凶向人类世界提议进攻，早已损失奥特曼力气的年夜古，面临当前的危机一筹莫展。 　　三万万年前扑灭人类文明的遥远记忆，熬煎侧重新年夜古与迪迦奥特曼的神经……