持续延续上一季的剧情，本来穆德受了骗，实时觉察毛病后和史考莉通同好来骗当局高层，以潜入一个“作为一个通俗FBI特殊捕快不应进入的处所”汇集须要的材料。本季成长越来越出色，一些没有被完整改革的混血外星人结合起来抵御殖平易近诡计。史考莉被绑架时子宫被移除，但本年却涌现了她的孩子——艾蜜莉。本年制造小组甚至找了两位著名科幻小说家操笔，客串写出两集脚本。别的本年也有一集喜剧。整出X档案为了合营片子的上映，参加了一些脚色及内容，“辛迪加”组织的诡计越来越显著，穆德再一次接近事实的本相。穆德前女友的涌现也对穆德与史考莉间的关系做出重年夜考验。该季停止于抽烟人销毁了所有X档檀卷宗。