位于东京西部的伟大“学园都会”。在总生齿达230万人，个中约8成是学生的这座都会中，实行着超才能开辟的特别课程，学生们的才能被赐与从“无才能Level 0”到“超才能Level 5”的六阶段评价。 　　高中生上条当麻，也是住在学园都会的学生之一。他因为隐蔽在右手中的力气——只如果异能之力，就连神的加护都能清除的“理想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无才能”，过着充斥不幸的人生。 　　而上条的学生生涯，因为暑假开端时从天而降的纯白修女而产生了伟大的变更。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目次茵蒂克丝”相遇开端，上条就被卷入了各类各样的事宜中。统率学园都会的“科学”方、与茵蒂克丝联系关系的“魔法”方，在惊险地解决两边事宜的进程中，他的人际关系也慢慢扩大。之后，魔法一方的十字教最年夜宗派罗马正教，终于留意到上条的存在……。 　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都会也有所动作。但也有与逐渐开端对峙的世界动向抗争的人赓续涌现。那些经由过程与上条有所联系关系，而任务运年夜为转变的“豪杰”们。 　　他们自告奋勇与世界对立。如同上条当麻做过的那样。 　　科学与魔法第三次交错之时，故事将年夜幅推动！！