西元一九九九年 一顆不明的巨大年夜「流星」墜落在地球上 之後調查證實這其實是一艘外星人的银河系船 之後宇宙的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所酿成的破壞 還得掩蓋掉落這個外星船墜落的事實 而組成了統合当局 並是地球統合軍將其改革成為全長一二00公尺的超大年夜型主力戰艦 定名為「馬克羅斯」 MACROSS 德文「大年夜银河系」之意 其間人類卻此时歷經統合派與反統合派國屋陣營的割裂 在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著 直到一0年後 在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天 在月球軌道四周俄然發現有大年夜規模的時空跳躍反應 而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發se 並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦 事已至如此頓時成了趕鴨子上架 不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只有展開接戰 並讓馬克羅斯升空啟航 以轉移敵方重视 青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲进戰鬥 並救起了一名名叫林明美的年轻美女 且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……挨稱為「第一次银河系大年夜戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕 而圍繞在輝 明美與未沙之間的豪情糾葛 卻此时開始参和了戰事的發展当中 甚而成為主導後來歷史走向的契機……